Платная доработка на тему Состав бактериальной микрофлоры у женщин страдающих раком лёгкого

Содержание:

Введение. 2

Глава
1. Обзор литературы.. 5

1.1.
Секвенирование нового поколения как метод изучения микробиома человека  5

1.2.
Основные характеристики микробиома дыхательных путей и легких у человека. 9

1.3.
Связь микробиома с раком легкого. 18

Глава
2. Материалы и методы.. 26

2.1.
Краткая характеристика исследованной группы.. 26

2.2.
Сбор и подготовка образцов бактериальной ДНК для NGS секвенирования  35

2.3.
Секвенирование метагеномной ДНК.. 39

2.4.
Биоинформационная и статистическая обработка результатов секвенирования  45

Глава
3. Результаты и обсуждение. 51

3.1. Представленность
основных бактериальных типов в мокроте обследованных женщин. 51

3.2. Представленность
основных бактериальных родов в мокроте обследованных женщин. 52

3.3. Представленность основных бактериальных видов в мокроте
обследованных женщин. 55

3.4 Сопоставление
полученных результатов с данными литературы………..60

Выводы.. 68

Список использованной литературы   71

Введение:

Введение Микробы вездесущи в природе,
населяют почти все мыслимые среды и играют важную роль в жизни человека.
Микробы, хотя в целом невидимы, играют важную роль в функционировании экосистем,
модулируя ключевые экосистемные процессы, такие как рост растений, круговорот
питательных веществ в почве и морской биогеохимический круговорот. Неисчислимое
количество симбиотических, патогенных и комменсальных микробов колонизировало
человеческое тело, коллективно составляя человеческую микробиоту. Общепризнано,
что взаимодействие между человеческим организмом и кишечной микробиотой
оказывает влияние на несколько аспектов здоровья человека. Функционирующий
микробиом является обязательным для организмов-хозяев, так как он способствует
бесперебойному функционированию важных физиологических процессов. Фактически,
организмы-хозяева эволюционировали совместно со своей микробиотой, причем
некоторые комменсалы эволюционировали как патобионты, а другие-как симбионты.
Присутствие определенных комменсалов в кишечнике человека индуцирует сигналы,
которые управляют правильным функционированием и созреванием иммунной системы.
Микробные сообщества приобретают специфическую структуру в различных хозяевах и
физических средах. Следовательно, идентификация и характеристика микробов,
населяющих хозяина, их различных фенотипов и биохимических путей, посредством
которых микробы воздействуют на своих хозяев, являются основным направлением
исследований микробиома хозяина.

Анализ взаимодействий хозяина и микроба
позволяет выявить основные характеристики взаимодействия, включая их
идентификацию, классификацию, прогнозирование профиля и механизмы
взаимодействия. Хотя структура, функция, динамика и взаимодействия этих микроорганизмов
играют существенную роль в метаболизме человека, их идентификация,
количественная оценка и характеристика могут быть проблематичными. Большинство

Заключение:

Выводы В течение нескольких десятилетий
метагеномные исследования были сосредоточены на бактериальном микробиоме,
однако клинические и экспериментальные исследования начали подчеркивать роль
грибов в микробиоме человека в целом и в дыхательном микробиоме в частности.
Такое полимикробное сообщество обладает эмерджентными свойствами, которые не
могут быть выведены путем изучения его компонентов по отдельности. В этом отношении
подходы “омикс” будут значительно полезны для выявления и расшифровки
потенциальных грибково–бактериальных взаимодействий, необходимых для
поддержания здорового респираторного микробиома, или, с другой стороны, для
облегчения КРД.

Быстрое развитие технологий NGS
открыло возможности для лучшего определения состава и функций респираторного
микобиома и микробиома в гомеостазе, во время инфекции и в контексте CRD новым
способом. Сейчас крайне важно разработать надежные универсальные
методологические стратегии и проводить крупные многоцентровые исследования.
Несмотря на последние методологические достижения, современные метагеномные
подходы, используемые для изучения микобиомы, все еще имеют определенные
ограничения. Как было предложено, есть множество подводных камней, связанных с
микобиомой, которые нам нужно бросить коллективный вызов. Сначала грибковые
клетки, как известно, трудно взломать и может потребовать химического или
механического лизиса в качестве предварительной экстракцией шаг. Еще один технический
момент в измерении грибов с помощью метода, основанного на ДНК, заключается в
возможности различать ДНК живых микроорганизмов и ДНК мертвых.

Вторая задача заключается в повышении качества
таксономического назначения путем создания точной обновленной базы данных по
грибам. Поскольку внутренние транскрибированные спейсерные (ITS) области рДНК
широко используются для идентификации видов грибов и в последнее время

Фрагмент текста работы:

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Секвенирование нового
поколения как метод изучения микробиома человека Микробы выполняют важные функции,
которые приносят огромную пользу здоровью планеты и ее обитателей. Микробы
помогают регулировать, регулировать и поддерживать атмосферу Земли, поддерживать
рост растений и помогают для подавления болезней растений, способствует
здоровью человека, расщепление вредных химических веществ, присутствующих в
загрязненной среде, поддержка устойчивого сельского хозяйства, модулируют
парниковых газов, являются основными составляющими различных биогеохимических
циклов и в значительной степени способствовать экологических процессов, включая
изменение климата. В дополнение к восстановлению загрязненной окружающей среды
и модуляции атмосферы, совместная деятельность этих невидимых микробных
сообществ формирует лицо биосферы и представляет собой неиспользованные
резервуары новых биомолекул, включая фармакологические препараты и промышленные
ферменты. Микробы, сосуществующие в человеческом теле, предлагают множество преимуществ,
модулируя фундаментальные метаболические процессы, иммунитет и передачу
сигналов. Все больше данных свидетельствует о том, что существует значительная
связь между микробиомом кишечника человека и развитием человеческих
заболеваний.

Раньше было трудно изучать микробы в их
естественной среде, и поэтому микробиологи ограничивались изучением отдельных
видов в лаборатории. Такой подход, однако, ограничивает возможности получения
данных о микробных сообществах, населяющих разнообразные экосистемы. Метагеномика
помогла устранить это ограничение и значительно расширила наше понимание целых
микробных сообществ, тем самым значительно продвинув наши знания о микробной
экологии и микробиологии в целом. Метагеномика, поддерживаемая секвенированием
следующего поколения